医学文献检索基础ppt课件.ppt

2018.8中国医科大学医学信息学院,医学文献检索,为什么要学习文献检索？,科学研究的一般工作流程：,检索相关的研究 分析现有的研究结果 发现问题 提出假说,制订试验方案 定义试验步骤 试验 数据汇总,数据可视化 数据验证 调整试验 重新校验假说,写作研究论文 发表研究论文,为什么要学习文献检索？,据美国科学基金会统计，一个科研人员花费在查找和消化科技资料上的时间需占全部科研时间的51%，计划思考占8%，实验研究占32%，书面总结占9%。由上述统计数字可以看出，科研人员花费在科技出版物上的时间为全部科研时间的60%。,文 献,1.文献(documents，literature)：是记录有知识的一切载体。 四要素： （1）记录知识的具体内容 （2）记录知识的手段，如文字、图像、符号、声频、视频等 （3）记录知识的物质载体，如纸张、光盘、录像带等 （4）记录知识的表现形态，如图书、期刊、专利说明书等,文献的定义,文献的类型,文献可按载体类型、出版形式、内容加工深度、获取难易程度等进行分类 1.文献按内容加工深度分类： （1）一次文献（Primary Document)：指作者以其本人的研究成果（如实验、观察、调查研究等结果）为基本素材写成的原始创作。 所记录的是作者的最新发现或发明，以及新的见解、新的理论、新的方法等新颖、具体而详尽的知识，因而成为科学研究等工作的最主要信息来源，尤其是期刊论文，已成为科技文献的主体，但由于其量大、分散而无序，给读者的查找和利用带来了极大的不便。,1.文献按内容加工深度分类： （2）二次文献（Secondary Document)：即检索工具，是指将大量无序、分散的一次文献收集、整理、加工、著录其特征如著者、篇名、分类、主题、出处等，并按一定的顺序加以编排，形成供读者检索所需一次文献线索的新的文献形式。包括索引、文摘、目录及相应的数据库。,文献的类型,1.文献按内容加工深度分类： （3）三次文献(Tertiary Document)：科技人员围绕某一专题，在充分研究与利用大量一次文献的基础上，即经过阅读、分析、归纳、概括，撰写而成的新的文献，或综述已取得的成果进展，或加评论、或预测发展趋势。 形如综述（review）、述评（comment）、进展（advance; progress）、现状（update）、发展趋势（trend）等期刊文献和百科全书、年鉴、手册等参考工具书。,文献的类型,1.文献按内容加工深度分类： （4）零次文献(Zero Document)：指未经信息加工，直接记录在载体上的原始信息，如实验数据、观测记录、调查材料等。,文献的类型,（1）数量庞大，增长迅速（2）文种繁多，但呈明显的英文化趋势（3）内容交叉重复（4）文献形式呈现多样化（5）文献分布既集中又分散，但呈专题化或专集化趋势（6）知识老化加快，文献寿命（半衰期）缩短 （7）交流传播及变化速度加快,文献信息的特点,（1）是科学的表现形式，是汇集人类财富的主要载体（2）是衡量科学技术水平的重要依据（3）是传播科学知识的最基本、最主要的手段（4）是确认科学发现与技术发明优先权的认证依据,文献信息的社会功能（作用）,1.图书的结构：主要包括封面、封底、书脊、书名页、出版说明、前言（序）、目次、附录、后记等。参考文献的格式(NLM采用的ANSI标准格式）Norman IJ, Redfern SJ,editors. Mental health care for elderly people. New York: Churchill Livingstone ;1996,医学文献的结构,责任者,书名,出版地,出版社,出版时间,1.图书的结构： 书中的章节：Philips SJ, Whisnant JP. Hypertension and stroke. In: Laragh JH, Brenner BM, editors. Hypertension: pathophysiology, diagnosis, and management. 2nd ed. New York: Raven Press;1995.p.465-78.,医学文献的结构,章节作者,章节名称,责任者,书 名,副书名,版次,出版地：出版社；出版时间,章节所在页码,医学文献的结构,2.期刊论文结构：期刊论文包括文章题目、作者、摘要、关键词、（分类号）、正文、参考文献。参考文献格式：（1） Vega KJ, Pina I, Krevsky B. Heart transplantation is associated with an increased risk for pancreatobiliary disease. Am Intern Med 1996 Jun 1;124(11):980-3,作 者,文章标题,期 刊 名,出版时间,卷,期,起止页码,2.期刊论文结构： （2）Semin Oncol 1996;23(1 Suppl 2):80-97 （3） Clin Orthop 1995;(320):110-4,医学文献的结构,Suppl:增刊,有期无卷,文献信息检索,文献信息检索，是指在一定信息需求驱使下，利用现有文献信息资源有效获取所需文献信息内容的活动及其过程。,文献信息检索的定义,（1）常用法（工具法）：顺查法，倒查法，抽查法（2）追溯法（3）分段法（4）浏览法,文献信息检索的方法,（1）有助于实现知识更新（2）有助于解决实际问题（3）有助于推进科研进程 （4）有助于开发信息资源,文献信息检索的意义和作用,文献信息检索系统，是指根据人类社会对知识信息的普遍性需要，由一定的硬件设备和软件条件所构成的，具有选择、整理、加工、存储和检索文献信息功能的有序化信息资源集合体。,文献信息检索系统,（1）文献信息资源 （2）硬件设备 （3）软件条件 （4）人力资源,文献信息检索系统的构成,（1）记录（record)：构成文献信息数据库的基本单元，它揭示了文献的内容特征和外表特征。（2）字段(field):比记录更小的单位，是组成记录的基本单元，在数据库检索时，也是一个检索点或检索入口。（3）文档(document):两重含义：一是指组成大型数据库的子库，是数据库多层次结构中的一级组成部分。二是从数据库的组成方式分：顺排文档（按记录的顺序号排列）、倒排文档（按主题词或作者等排列）,文献信息数据库的结构,上述数据库的结构，可用英文单词的单复数形式更直观地表述为 ：,record Fields （记录）,database flies （数据库）,File Records （文档）,field searching entry （字段）（检索入口）,文献信息数据库的结构,文献信息检索系统的分类,数据库按其收录内容和功能的不同可分为如下类型：（1）书目型数据库（Bibliographic Database）（2）事实数值型数据库（Fact-Data Database）（3）全文数据库（Full-text Database）（4）知识型数据（Knowledge Database),检 索 语 言,检索语言是在文献检索领域内用来描述文献特征和表达检索提问的一种专用语言，即根据信息检索需要而创建的统一文献标引用语和检索用语的一种人工语言。,检索语言的概念,检索语言的类别,1.按标识的组合方式划分： （1）先组式语言：文献标识在编表时就固定好，或绝大部分已固定组配好。 （2）后组式语言：文献标识在检索时才组配起来。,检索语言的类别,2.按检索语言规范化程度划分： （1）规范语言（人工语言）：人为地对标引用词加以控制和规范，使每一个词对应表达一个概念。词和概念之间具有一一对应关系，排除了自然语言中同义词、多义词、近义词、同形异义词的现象。 （2）非规范语言（自然语言）：以未经人工控制的、直接从原始文献信息中抽取出的自由词（语词或符号等）作为检索词。,检索语言的类别,3.按所描述的文献信息特征划分： （1）文献外表特征检索语言：是以文献的外表特征作为标识和检索点而设计的检索语言，主要应用有：文献题名索引系统、著者索引系统、文献序号索引系统和引文索引系统。 （2）文献内容特征检索语言：是以文献所论述的主题、观点、见解和结论以及构成原理作为标识和检索点而设计的检索语言，主要有分类检索语言、主题检索语言和代码检索语言。,分类检索语言,分类检索语言：是将各种概念按所属学科范畴进行分类和分层次系统排列，以代表类目的分类号（如字母符号、数字等）作为文献标识的一类检索语言。,文献分类法,文献分类法：是根据文献所反映的学科知识内容及其他特征，分门别类地、系统地揭示和组织文献的一种方法。其主要目的是为了满足人们按学科知识体系检索文献的要求。,中国图书馆分类法,中国图书馆分类法（简称中图法）是我国各类图书馆应用最广泛的分类法，图书馆使用它进行馆藏文献的分类排架和编制分类目录。同时中图法在我国的图书发行、数据库的科学论文标引、以及网络信息资源组织与检索等多个领域也有广泛应用。目前中图法的最新版是2010年出版的第五版。,1. 层累标记制 中图法的分类号采用字母与阿拉伯数字相结合的混合制编码，用一个字母标志一个大类，以字母的顺序反映大类的序列，在字母后用数字表示大类下的类目的划分。数字的编号制度，使用小数制，即首先顺序字母后第一位数字，然后顺序第二位，以下类推。数字的位置，基本上遵从层累制原则，即尽可能使号码的位数代表类目的等级数，当一个分类号的数字超过三位时，为了醒目而加上小圆点“.”，并无其他意义。,中国图书馆分类法,类目按概念间的逻辑隶属关系，由上至下逐级展开，划分出更专指、更具体的类目。如“R323.123 静脉”的上下级类目从上至下依次是：,中国图书馆分类法,2.复分号 复分是增强类目的细分化程度，提高类目专指度的分类措施，是图书馆分类法的重要组成部分。中图法的复分表主要有通用复分表和专类复分表两种，这些复分表的号码不能单独使用，只能加在主分类号后面作为共性区分的标识。中图法通用复分表有8个，如总论、地理、时代、民族复分表。,中国图书馆分类法,总论复分表中的描述图书的外部特征如教材、工具书等的复分号及其含义举例如下表： 图书分类号举例： R28 中药学 R28-61中药学辞典 R28-64 中药学图谱,中国图书馆分类法,专类复分表专供某些类目的进一步细分之用。例如，专供R5-R8（临床医学各类）的复分表如上：例如： R581 甲状腺疾病 R512.6 病毒性肝炎 R581.04 甲状腺疾病诊断 R512.603 病毒性肝炎免疫学,中国图书馆分类法,中国图书馆分类法,3. 基本大类,4. R 医药、卫生 大类下设17个二级类目,中国图书馆分类法,主题检索语言,主题检索语言是用语词作为检索标识来表达各种概念、并按字顺组织起来的一种检索语言。应用较多的是叙词语言和关键词语言。1.叙词（Descriptor）：又称主题词（Subject Headings）指能代表文献实质内容且经过严格规范化的专业名词术语或词组。2.关键词语言（Keyword）:指从文献题目、文摘或正文中提取出来并具有实质意义的、能代表文献主题内容的语词。,主题检索语言,主题词语言的主要特点（1）它对一个主题概念的同义词、近义词等适当归并，以保证语词与概念的唯一对应，避免多次检索；（2）采用参照系统揭示非主题词与主题词之间的等同关系以及某些主题词之间的相互关系；（3）根据主题词之间的隶属关系，可编制主题词分类索引，从而选择更专指的主题词；（4）同一篇文献的每个主题词都可以作为检索词，从而提供多个检索入口点，便于查找。,医学主题词表,医学主题词表（Medical Subject Headings，简称MeSH表），美国国立医学图书馆（NLM）研制的用于标引、编目和检索生物医学文献的英文受控词表。 MeSH表汇集了由著名的医学专家、医学编辑和医学图书馆专家推荐的、在生物医学领域里使用频繁且使用者认可的主题词2.8万多个，副主题词79个。,MeSH表的概念体系是由主题词、限定词、补充概念和款目词组成。1主题词(main headings) 是用于描述主题事物或内容的，唯一具有独立检索意义的经过规范化处理的名词术语， 28,000多个。,医学主题词表,（1）主题词的形式：MeSH表的词汇以名词为主，可数名词多采用复数形式，如Blood Cells；不可数名词或表示抽象概念的名词采用单数形式，如Brain Stem；主题词可以是单个词，也可以是词组，词组形式的主题词一般按自然语序采用顺置形，如Lung Abscess（肺脓肿）、Hepatic Coma（肝昏迷）等。,医学主题词表,（1）主题词的形式：但是，为了使概念相近的族性主题词集中在一起，有些复合主题词采用倒置形式，将复合主题词中被修饰的名词放在前面，起修饰限定的形容词放在名词之后，并用“，”分开。例如： Shock, Cardiogenic (心源性休克) Shock, Hemorrhagic (出血性休克) Shock, Septic (败血性休克)倒置后，凡有关休克的文献都相应集中在 “Shock”这个主题词下，为检索者提供了族性选词的方便。,医学主题词表,（2）主题词的单一性：一个词语只表达一个概念，一个概念只用一个词语表达，有利于提高文献的查全率。（3）主题词的动态性：MeSH表是医学常用规范化词汇的浓缩，必然随着医学科学的不断发展而不断的增删、调整，以便及时反映医学科学的最新发展、新主题和新事物，有一定的动态性。,医学主题词表,（4）树状结构号：根据每个主题词的词义范畴和学科属性，可将全部主题词归入16个大类（以大写字母A-N，V，Z表示），每个大类又细分为100多个二级类目，二级类目再层层划分，逐级展开，使同一概念范围的主题词成族展示它们之间的并列、隶属等相互关系，每一个主题词均给予一个相应的树状结构号，最多可达11级，形成主题词的状结构体系，少数主题词按其属性须跨两个或多个类，这样的主题词被同时给予多个树状结构号。,医学主题词表,2限定词（qualifiers）又称副主题词（subheadings），共79个，是对主题词所探讨的某一方面内容加以限定的词，其作用是增强主题词的专指性。,医学主题词表,3补充概念（supplement concept）又称补充化学物质名称，用于标引MEDLINE中出现的化学物质、罕见病、有机体名称等，在PubMed中可用化学物质名称字段NM进行检索的概念。 目前MeSH表收录有230,000多个补充概念。,医学主题词表,4款目词（entry terms）亦称入口词，指某些主题词的同义词或相关词，作用是将自由词引见到主题词。,医学主题词表,MeSH Browser（医学主题词浏览器，https:/meshb.nlm.nih.gov/search）是MeSH表的网络版，旨在帮助用户迅速查询相关主题词并显示主题词的等级结构体系。,医学主题词表,MeSH Browser提供了2种查询方式： 输词查询 树形结构导航查询,医学主题词表,文献信息检索技术,最常用的方法；用户的信息需求通过检索提问式表达；采用布尔代数中的逻辑符AND、OR和NOT作为逻辑组配算符；计算机根据表达式确定命中文献的基本条件与查找途径，同文档中各篇文献的标识进行匹配。凡符合条件的文献即为命中文献，予以输出。,布尔逻辑检索技术,布尔运算符AND、OR、NOT，分别表示逻辑与、逻辑或、逻辑非三种逻辑运算关系，如下图所示。,布尔逻辑检索技术,布尔逻辑运算示意图,A AND B,A OR B,A NOT B,布尔逻辑运算的优先顺序当一个检索表达式含有多个布尔算符时，结合数据的实际情况确定好执行的顺序。可用圆括号改变运算顺序，将需要优先运算者置于圆括号中。例如，查找“维生素C或维生素E对糖尿病患者肾脏的保护作用”,布尔逻辑检索技术,布尔逻辑运算的优先顺序假设优先级为notandor维生素C or 维生素E and 糖尿病 and 肾。,布尔逻辑检索技术,维生素E,布尔逻辑运算的优先顺序假设优先级为notandor（维生素C or 维生素E ）and 糖尿病 and 肾。,布尔逻辑检索技术,截 词 检 索,截词检索，利用截断的词的一个局部进行检索的技术；自动地对同一概念检索词的不同词尾变化、词根相同的一类提问词进行检索，并自动用OR连接各词的检出结果，避免文献的漏检和逐词键入的麻烦，提高查全率；常用的截词符号有“ * ”、“ ？”。,分类按是否采用截词符号分为，采用截词符号、不用截词符号；按截断位置的不同分为，右截词、左截词、中间截词；按截断的字符数量的不同分为，无限截词、有限截词。,截 词 检 索,邻 近 检 索,邻近检索（proximity searching）是用来表示检索词与检索词之间位置关系的检索技术，通常用位置算符来实现；常用的位置算符有near，with。“near”，表示检索词位置相邻，检索词出现的顺序可前可后，如gene NEAR apoptosis；“with”，表示检索词位置相邻，且两词出现的顺序与输入顺序一致，如liver WITH cancer。,限 定 检 索,限定检索（limit Searching）又称限定字段检索（limit Field Searching），是利用检索词出现的字段进行的检索；用户可以指定检索某一字段或某几个字段以使检索结果更为准确，减少误检；检索系统的限定检索会采用缩写形式的字段标识符；如 TI表示Title，AD表示Address。,扩 展 检 索,扩展检索（expand searching）是同时对多个相关检索词执行逻辑或检索的技术；即当用户输入一个检索词后，系统不仅能检出该检索词的文献，还能检出与该检索词同属于一个概念的同义词或下位词的文献，如PubMed中主题词的扩展检索。,加 权 检 索,加权检索（weighting searching）不仅检索提问词是否存在，而且计算提问词的权值，当权值之和超过阈值的记录才能在数据库中被检出来。在某些数据库中表现为仅检索主要概念主题词，如MEDLINE；而有些数据库表现为词频检索，如中国学术期刊全文数据库。,精确检索和模糊检索,精确检索（exact searching）是指所检信息与输入的词组完全一致的匹配检索技术；在许多系统中用引号来表示，如检索“Acute Pancreatitis”；模糊检索（fuzzy searching）允许所检信息与检索提问之间存在一定的差异。如检索Acute Pancreatitis，可检索出Acute necrotizing Pancreatitis、Acute gallstone Pancreatitis等。,跨 库 检 索,跨库检索（cross database searching、One-stop searching）是一次对多个数据库同时进行检索的技术。跨库检索能为用户提供统一的检索接口，将用户检索需求转化为不同数据库的检索表达式，并发地检索本地和广域网上的多个分布式异构数据库，并对检索结果加以整合，以统一的格式将结果呈现给用户。,相关信息反馈检索,相关信息反馈检索，是将与已检结果存在某种程度相关的信息检索出来的检索技术，多由检索系统自动进行检索。如Google（http:/）的“类似网页”、PubMed的“Similar articles”。,智 能 检 索,自动实现检索词、检索词对应主题词及该主题词所含下位词的同步检索。如PubMed的“自动词语匹配检索”属于智能检索。,文献信息检索途径与策略,文献信息检索途径,（1）主题词检索：推荐！医学主题词表MeSH （2）自由词（文本词）检索：包括标题词、关键词、文摘词、全文词，注意同义词！ （3）分类检索：中国图书馆分类法（中图法） （4）著者检索：姓前用全称，名后用首字，注意东西方人名书写习惯。,（5）题名检索途径：（书名，刊名，篇名）（6）序号检索：文献特有序号（ISSN、ISBN、专利号、公开号、报告号、合同号、化学物质登记号等）（7）机构检索：文章发表时作者所任职的单位（8）引文检索：被引文献引用文献（9）缺省检索：预先设定的多字段组合检索 （10）其他途径：分子式索引、生物体索引等,文献信息检索途径,文献信息检索策略,一.检索策略的含义： 广义的检索策略是指用户根据检索需求选择相应的数据库、确定检索方式、检索途径及相应检索表达式进行检索的一系列操作或方案，是用户检索目标的体现。 狭义的检索策略仅指用户确定检索表达式进行检索的系列操作。,文献信息检索策略,二.检索策略的构建： 1.分析检索课题，明确检索要求 （1）分析课题的主题内容 （2）确定课题的文献类型 （3）确定检索的时间范围 （4）分析用户的检索评价要求 2.选择检索系统，确定检索方法 3.确定检索途径，编写检索策略表达式 4.评价检索结果，修正检索策略,三.检索策略的调整 1. 扩大检索范围的方法： （1）重新选择数据：选择多个数据库或增加所检数据的检索年限 （2）选择多种检索方式：采用多种检索方式相结合，可适当扩大检索 （3）重新选择检索途径：减少检索的字段限定或选择检索范围较广的字段进行检索,文献信息检索策略,三.检索策略的调整 1. 扩大检索范围的方法：（4）重新构建检索表达式：增加同义词或近义词，用OR组配；主题词扩展检索，选用所有副主题词或扩展下位副主题词；检索相关主题词； 使用截词检索；减少检索的字段限定；横向检索；检索引文；采用相关信息反馈检索等。,文献信息检索策略,三.检索策略的调整 2. 缩小检索范围的方法： （1）重新选择数据库：减少所检索数据库的数量或缩短检索年限 （2）选择最佳检索方式：通过高级检索或专家检索输入更多限定条件，通过分类目录缩小检索的数据范围 （3）重新选择检索途径：增加字段限定或选择检索范围较小的字段进行检索,文献信息检索策略,三.检索策略的调整 2. 缩小检索范围的方法： （4）重新构建检索表达式：使用用逻辑运算符“and”或“not”; 选择专指性的检索词；使用副主题词；主题词加权检索；限定字段检索等。,文献信息检索策略,四.检索效果的评价 查全率（recall）：指系统在进行某一检索时，检出的相关文献量占系统文献库中相关文献量的比率，它反映该系统文献库中实有的相关文献量在多大程度上被检索出来。 R（检出相关文献量/系统文献库中相关文献总量）100% 查准率（precision):指系统在进行某一检索时，检出的相关文献量占检出的文献总量的比率，它反映每次从该系统文献库中实际检出的全部文献中有多少是相关的。 P=(检出相关文献量/检出文献总量) 100%,文献信息检索策略,中国医科大学图书馆,http:/,微信平台,公众号：CMULibrary 提供图书馆使用指南，最新资讯，书目检索，图书续借等服务。,The end !,